夫妻雙方分居多年的可以通過協議離婚和訴訟離婚的方式辦理離婚。夫妻雙方離婚的可以先協商處理，如果對子女撫養、財產以及債務處理等事項協商一致的，可以辦理協議離婚;如果協商不成，可以到法院起訴，由法院進行判決，法院對于夫妻雙方因感情不和分居滿兩年，經法院調解無效的，應當準予離婚。
分居的證明材料：
1、分居后另行租房的租房協議;
2、當地居委會的證明;
3、所居住小區物業管理處的證明;
4、知道了解分居事實的房東或鄰居親自作證或由其出具的證言;
5、雙方的書信來往、錄音等證據，需要注意的是錄音談話要涉及雙方因感情不和分居的事實，只要對方也承認因感情不和分居的事實，可以作為證據使用，但要和其他證據形成證據鏈;
6、分居期間如有其他同居人，同居人的證明;
7、分居期間一方在外打工而辦理的暫住證等。
法律依據：《中華人民共和國民事訴訟法》
第六十六條 證據包括：(一)當事人的陳述;(二)書證;(三)物證;(四)視聽資料;(五)電子數據;(六)證人證言;(七)鑒定意見;(八)勘驗筆錄。
證據必須查證屬實，才能作為認定事實的根據。
雖然夫妻雙方長期分居，但是仍處于夫妻關系存續期間的，針對財產問題，雙方可以通過協議約定處理，如果沒有約定的，一般仍然屬于夫妻共同財產，按照夫妻共同財產分割。
